АНБУ
Полная экипировка Анбу.Команда Особого Назначения АНБУ (яп. 暗部, дословно «тёмная сторона») (аббревиатура от Ансацу Сэндзюцу Токусю Бутай (яп. 暗殺戦術特殊部隊 «Особая команда по тактике убийств») — спецназ, находящийся под прямым контролем кагэ. Члены AНБУ носят фарфоровые маски, имеющие форму животных, для того, чтобы выделяться среди других синоби и оставаться неузнанными. Также они имеют стандартную униформу, состоящую из черной и серой брони, защитных пластинок для рук и татуировки в виде спирали на левом плече, кроме того, они носят с собой ниндзя-то (меч ниндзя), который обычно прикрепляется к спине. Некоторые из них на стандартные униформы надевают чёрные плащи с капюшонами, в то время как лидер команды может носить плащ белого цвета. Все члены АНБУ прекрасно разбираются в анатомии человеческого тела, на основе чего были придуманны различные мощные техники, например дзюцу, парализующее противника. Одно из возможных её подразделений — это Ниндзя преследователи (яп. 追い忍 ойнин), основная задача которого состоит прежде всего в поимке ниндзя-предателей, а затем в полном уничтожении их тел, таким образом избегая утечки в другие селения важной информации о типе чакры и различных анатомических признаках.

Похожие организации
Коноха имеет две организации похожие на АНБУ, но не являющиеся его подразделениями. Военная Полиция Листвы (яп. 木ノ葉警務部隊 Коноха Кэйму Бутай) или просто Военная Полиция — является уникальной организацией в Селении Листвы, хотя и другие деревни могут иметь подобные системы. Символ Военной Полиции — герб основавшего её клана Утиха. Когда-то она в основном состояла из членов именно этого клана, однако в настоящий момент большинство из них уже нет в живых. Данная организация занимается соблюдением законов в Селении, и имеет практически неограниченную юрисдикцию. Тем не менее, она не может вмешиваться в области, которые находятся под прямым контролем Хокагэ. Также они уважают следственную систему и внутреннюю дисциплину организации АНБУ. Нидзю-сётай (яп. 二十小隊 нидзю:сё:тай, Отряд двадцати) — это оперативная группа, созданная Цунадэ, Пятым Хокагэ. Эта воинская часть была создана для розыска, захвата, и, в случае необходимости, устранения членов организации Акацуки на территории Страны Огня. Нидзю-сётай состоит из 20-ти команд, каждая из которых насчитывает четырёх членов

АНБУ Селения Листвы обычно подчиняется прямым командам Хокагэ, но за несколько лет до первых событий истории «Naruto», существовал Департамент подготовки АНБУ известный как Корень (яп. 根 нэ). Организация была основана и непосредственно возглавлена Дандзо, который усиленно обучал и конденсировал мировозрение детей. Корень способствует полному устранению эмоций, чтобы дать возможность своим членам доводить до конца миссии, не сдерживая себя. Эта организация имеет тенденцию следовать и дальше своим убеждениям: синоби, в отличие от большинства других групп ниндзя, не должен показывать никаких чувств (из упоминаний Сайя о правилах после того, как у него был найден подарок его «брата»). Считается, что Корень использовал методы, подобные выпускному экзамену Академии Селения Тумана, который включал в себя смертельные поединки между студентами. С того момента как Дандзо начал вести военную политику, что противоречило идеям Третьего Хокагэ, Корень был расформирован. Несмотря на это многие ниндзя остались преданны организации. Даже если организация показывает нам что имеет хорошие намерениям, Цунадэ и Дзирайя относятся к ней с подозрением.

Ниндзя-медики
Ниндзя-медики (яп. 医療忍 ирё:нин) специализируются в лечении, главным образом используя для этого медицинские дзюцу. Должность врача-ниндзя требует большого уровня знаний и превосходного контроля над чакрой, так как она используется при лечении различных повреждений. Кроме медицинского обучения они, для избежания вражеских атак, уделяют особое внимание изучению боевых навыков, состоящих главным образом из техник тайдзюцу и некоторых медицинских дзюцу. Главной причиной этому является то, что смерть санитара-ниндзя может привести к смерти всей команды. Обычно медики посылаются наряду с группой в опасные миссии, тем самым, увеличивая процент выживания той команды.

Для наиболее серьезных повреждений ниндзя-медик выполняет Живительную технику реанимации (яп. 治活再生の術 Тикацу сайсэй но дзюцу), которая использует частицы тела пострадавшего для регенерации клеток зоны повреждения. Дзюцу требует большого количества времени и концентрации, поэтому врачебный персонал, чтобы отдохнуть, периодически сменяется.

Ниндзя-предатели
Ниндзя-предатели (яп. 抜け忍 нукэнин, «беглый ниндзя») — это те, кто покинул свою собственную деревню. За ними постоянно ведётся слежка из-за секретов, которые они хранят. Другие Скрытые Селения интересуются покупкой такой информации, потому что это могло бы быть полезно для одержания победы в сражении или для заполучения уникального врождённого навыка определённого клана. Селения создают специальные подразделения Ниндзя-преследователей для предотвращения подобного развития событий, хотя маловероятно, что на каждого ниндзя-предателя имеется посланная за ним команда.